《幻想三国志贰》的战斗系统与前作相比，可以用“纯化”来形容二代的改变，在二代中，玩家上手将变得更为简单，部份设定也简化了许多。
　　
当然，这些改变并不代表有损游戏本身的战斗游戏性及乐趣；本作在战斗的主要乐趣上，依然维持一代快节奏战斗连击的畅快感受，并在这个基础的观念上，去除了不必要的操作难度及视觉阻碍，使得游戏整个战斗的节奏感更为流畅，而这也是《幻想三国志贰》改进的重点。
　　
同时，在战场数量的配置上，敌方由原来的５×５方位格，精简为５×４共２０个方位格，这种改变，除了避免因画面的卷动而影响玩家纵观全场的视线外，还对于改进战斗节奏、选择目标造成的遮蔽死角等具有非常大的帮助。
　　
此外，《幻想三国志贰》在许多战斗上的定义、判定、观念都与一代不尽相同，二代在连击判定、阵形观念，甚至于对大型战役的诠释上，都比一代有了更加成熟的表现。

新手、老手都适合的系统设计

　《幻想三国志贰》的战斗系统设计，在富有战术应用的核心之下，大幅的将所需要的思维单纯化，这样一来，即使是初学者的玩家，也不会因为害怕复杂的思考方式而对游戏望而却步了。

由于战斗时的敌我出手完全是实时的，这样不但提升了紧张感，还大幅加快了战斗的节奏，在您体验完游戏之后，您将会发现，游戏中将不会再有让您消耗时间等待出手的地方了，或许，这也是训练大家敏捷思考的另一种方法吧(笑)。
　　
这样的改变，对于新手来说，会不会因为手忙脚乱而导致败阵连连了呢？其实这点大家不用担心。《幻想三国志贰》中设置了难度的选择及战斗的计时喜好。不习惯实时战斗的玩家，可以选择“回合”制，按照条理做出正确的判断。而喜欢刺激的老玩家，则可以选择“半实时”及“高难度”来享受游戏紧凑的刺激感。